北京大学出版社的前身可以追溯到1902年设立的京师大学堂译书局和编书处，译书局翻译“西学”教科书和其他图书，编书处编纂“中学”教科书，北京大学的出版活动从此开始。翻译家、思想家严复曾任译书局总办，文学翻译家林纾为副总办。编书处总纂为李希圣。1918年，北京大学成立出版部，出版大学教科书和学术著作，曾出版《北京大学日刊》《国学季刊》等有广泛影响的刊物和中国社会主义青年团中央的机关刊物《先驱》，还先后出版了李大钊、张润之的《中国国际法论》，杨昌济译著的《西洋伦理学史》，黄节的《诗学》，钱玄同的《文字学音篇》，梁漱溟的《印度哲学概论》等一批学者编写的教材和学术专著。1952年，北京大学出版部撤销。从1953年起，北大出版部停止出版活动。从1902年至1952年，北京大学出版机构累计出版各种教材讲义和图书600余种。1979年，经国家出版事业管理局同意，教育部批准成立北京大学出版社，恢复了北京大学出版社建制。

自恢复建制以来，秉持“为教学科研服务、为人才培养服务、为社会和经济发展服务”的出版理念，注重出版物思想内容质量和学术水准，努力办出自身特色。经过三十年的发展，已发展成为一家以人文社会科学为主的综合性大学出版社，形成了一支在行业内处于优势地位的优秀团队，在出版能力、经营规模、社会影响和市场影响力等方面，都已跻身行业前列。

2010年12月，经批准，北京大学出版社变更为北京大学出版社有限公司，顺利完成了改制工作，由此翻开了新的篇章。